แนวทางการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ของ กอ.รมน.ภาค ๔ สน.ดำเนินงานโดยใช้ยุทธศาสตร์หลัก ๒ ยุทธศาสตร์  คือ

ก) ยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนา : มอบให้ ศอ.บต.เป็นหน่วยบูรณาการปฏิบัติงาน และควบคุมการปฏิบัติ มีเป้าหมายต่อประชาชนในพื้นที่ซึ่งเป็นจุดศูนย์ดุล ทางยุทธศาสตร์  โดยยึดถือยุทธศาสตร์พระราชทาน “ เข้าใจ  เข้าถึง พัฒนา ” และปรัชญา “ เศรษฐกิจพอเพียง ” เป็นแนวทางในการดำเนินการด้วยการบูรณาการแผนงาน/โครงการตามแผนพัฒนาพื้นที่พิเศษ ๕ จังหวัดชายแดนภาคใต้ ในการปฏิบัติงานอย่างเป็นระบบ สอดคล้องและเกื้อกูลซึ่งกันและกันในทุกกลยุทธ์

ข) ยุทธศาสตร์ด้านความมั่นคง :  มอบให้ พตท.เป็นหน่วยบูรณาการปฏิบัติงาน และควบคุมการปฏิบัติ ยึดถือแผนการอำนวยความเป็นธรรมและความมั่นคงปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สิน ในแผนการพัฒนาพื้นที่พิเศษ  ๕ จังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นแนวทาง    การดำเนินงาน   มีเป้าหมายเพื่อให้ประชาชนมีความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สิน สามารถดำรงชีวิต และประกอบอาชีพได้อย่างปกติสุข  ได้รับสิทธิพื้นฐานตามกฎหมายอย่างเท่าเทียมและเป็นธรรม มีความเชื่อถือศรัทธาและไว้วางใจในอำนาจรัฐ  โดยมีกลยุทธ์ที่สำคัญ ๓ กลยุทธ์ ดังนี้

    (๑)  กลยุทธ์การพัฒนางานยุติธรรมและประสิทธิภาพการเยียวยา  โดย  การพัฒนากฎหมายและบูรณาการระบบงานยุติธรรมให้เข้ากับอัตลักษณ์และความสอดคล้องของวิถีชีวิตมุสลิมและศาสนาอิสลาม  การให้ความช่วยเหลือแก่ประชาชนให้มีความเข้าใจในกฎหมายไทย  การเสริมสร้างความยุติธรรมชุมชนและยุติธรรมทางเลือกที่อาศัยพลังชุมชนและการมีส่วนร่วมของประชาชน การพัฒนาเสริมสร้างประสิทธิภาพการดำเนินคดีโดยอาศัยวิทยาการสอบสวนที่ทันสมัยตามหลักวิทยาศาสตร์มาพิสูจน์ผู้กระทำผิดที่เป็นมาตรฐาน  การช่วยเหลือพัฒนาอาชีพและฟื้นฟูจิตใจผู้ได้รับผลกระทบจากเหตุรุนแรง โดยให้ผู้ได้รับความสูญเสียทุกภาคส่วนเข้าถึงระบบการฟื้นฟูได้ง่าย โดยไม่เลือกปฏิบัติเพื่อลบปมเงื่อนไขความไม่เป็นธรรม ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ให้ลดน้อยลง ด้วยการพัฒนางานยุติธรรมตามหลักนิติธรรม โดยมีเป้าหมายการดำเนินการ คือ การร้องเรียนการละเมิดสิทธิของประชาชนและเงื่อนไขความไม่เป็นธรรมลดลงอย่างต่อเนื่อง, ประชาชนมีความเชื่อมั่นและมั่นใจในกระบวนการยุติธรรม และการดำเนินการของภาครัฐ และผู้ได้รับผลกระทบจากเหตุการณ์ความรุนแรงในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้จะต้องได้รับการเยียวยา  ช่วยเหลือพัฒนาอาชีพ และฟื้นฟูจิตใจ   ทำให้ประชาชนมีความเข้าใจที่ดีและไว้วางใจในรัฐ

                                (๒) กลยุทธ์การเสริมสร้างความเข้าใจ และการขจัดความขัดแย้งตามแนวทางสันติวิธี   โดยสร้างความสัมพันธ์ที่ดี ให้ประชาชนมีความเข้าใจการดำเนินงานของภาครัฐ    ยอมรับ  และให้ความร่วมมือกับภาครัฐเพิ่มขึ้น  มีเป้าหมายการดำเนินการ คือ เจ้าหน้าที่ภาครัฐเข้าถึงประชาชน ในพื้นที่มากขึ้น และประชาชนเข้าร่วมในกิจกรรมของรัฐเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง รวมทั้งประชาชนมีบทบาทในการพัฒนาชุมชนและท้องถิ่นของตนเองเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง 

                                (๓) กลยุทธ์การรักษาความสงบ คุ้มครองความปลอดภัย และแก้ไขปัญหายาเสพติดโดยการเสริมสร้างภูมิคุ้มกันให้ประชาชนอยู่ร่วมกันอย่างสันติ โดยควบคุมและสกัดกั้นความเคลื่อนไหวการก่อเหตุรุนแรง  เพิ่มการรักษาความปลอดภัยแก่ประชาชนและผู้ปฏิบัติงานภาครัฐในพื้นที่ป้องกันและเฝ้าระวังการก่อเหตุด้วยความร่วมมือและป้องกันตนเองของชุมชน  เพิ่มประสิทธิภาพการข่าว    และดำเนินการป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติด มีเป้าหมายการดำเนินการ คือ ประชาชนในพื้นที่ได้รับการดูแลความปลอดภัยและความคุ้มครองจากภาครัฐอย่างใกล้ชิด, ชุมชนและหมู่บ้านมีระบบป้องกัน        และแก้ไขปัญหาความไม่ปลอดภัยและปัญหายาเสพติดร่วมกับภาครัฐอย่างต่อเนื่อง และข้อมูลสถานการณ์มีความถูกต้อง  รวดเร็ว  ทันเวลา  ทำให้ภาครัฐสามารถป้องกัน และลดความสูญเสียจากเหตุรุนแรงในพื้นที่ 

          พตท. ป้องกันและปราบปรามการก่อเหตุรุนแรง   ป้องกันและปราบปราม แก้ไขปัญหายาเสพติด          ในพื้นที่ จชต.  และ ป้องกันชายแดนตามแนวชายแดนไทย – มาเลเซีย ในเขต จว.ย.ล.-จว.น.ธ. เพื่อให้ประชาชนมีความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สิน สามารถดำรงชีวิต และประกอบอาชีพได้อย่างปกติสุข  ได้รับสิทธิพื้นฐานตามกฎหมายอย่างเท่าเทียมและเป็นธรรม มีความเชื่อถือศรัทธาและไว้วางใจในอำนาจรัฐ 

ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ( ศอ.บต. ) :  บูรณาการแผนงาน/โครงการของส่วนราชการหรือหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้อง ตามแผนพัฒนาพื้นที่พิเศษ ๕ จังหวัดชายแดนภาคใต้  ให้สามารถดำเนินการได้อย่างมีประสิทธิภาพ  อำนวยการ และประสานการปฏิบัติในการบริหารงานยุติธรรม คุ้มครองสิทธิและเสรีภาพ      การอำนวยความเป็นธรรมโดยการรับเรื่องราวร้องทุกข์ การเยียวยาและการพัฒนากระบวนการยุติธรรม เพื่อขจัดเงื่อนไขความไม่เป็นธรรม รวมทั้งการตรวจสอบและแก้ไขปัญหาพฤติกรรมที่ไม่เหมาะสมของเจ้าหน้าที่รัฐ          

 กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในจังหวัดยะลา, ปัตตานี, นราธิวาส, สงขลา, (กอ.รมน.จว.) : วางแผน อำนวยการ ประสานงาน ในการแก้ปัญหาและจัดระเบียบความมั่นคงในพื้นที่  รวมทั้งปฏิบัติตามพันธกิจที่กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร ได้แก่  การบริหารจัดการ และการประเมินผล, การรักษาความมั่นคงและความสงบเรียบร้อยภายใน, การจัดระเบียบชุมชนและการสร้างพลังประชาชน และการเตรียมความพร้อมสำหรับเผชิญสถานการณ์เร่งด่วน              

          ศูนย์บูรณาการพัฒนาพื้นที่พิเศษ ๕ จังหวัดชายแดนภาคใต้ ( ศพชต. ) : อำนวยการ  บูรณาการ และประสานการปฏิบัติงาน ตามแผนการพัฒนาพื้นที่พิเศษ  ๕ จังหวัดชายแดนภาคใต้  ให้เป็นไปตามที่ได้รับมอบนโยบาย ในการขับเคลื่อนการพัฒนาและแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ร่วมกับศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ( ศอ.บต. ) และทุกภาคส่วนที่เกี่ยวข้อง

 ศูนย์สันติสุข  :  เป็นหน่วยงานหลักที่ดำเนินการตามพระราชบัญญัติการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร  พ.ศ.๒๕๕๑ ตามกรอบการดำเนินงานตามมาตรา ๒๑ ตลอดจนการบูรณาการ และประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องด้านคดี  สิทธิมนุษยชน และการพัฒนาคุณภาพชีวิตของผู้มาเข้าร่วมโครงการ และให้ความรู้กับเจ้าหน้าที่ในเรื่องสิทธิมนุษยชนที่เกี่ยวข้อง

 ศูนย์ป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติดในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ( ศปส.จชต. ):  อำนวยการ  ประสานงาน  การแก้ไขปัญหายาเสพติด ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ให้เป็นไปตามนโยบายของรัฐบาลและที่ได้รับมอบหมายจาก กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร และจากกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค ๔ ส่วนหน้า

 สำนักงานพัฒนาภาค ๔ ส่วนหน้า ( สนภ.๔ สน. ) :  วางแผน อำนวยการ ประสานงาน    ควบคุม และกำกับดูแล   ตลอดจนร่วมมือกับส่วนราชการ และองค์การต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง เพื่อการพัฒนาและช่วยเหลือประชาชนในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ และให้การสนับสนุนโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ

               ศูนย์ปฏิบัติการสำนักงานตำรวจแห่งชาติส่วนหน้า ( ศปก.ตร.สน. ) :   อำนวยการ  ประสานงาน  ควบคุมและบังคับบัญชาการปฏิบัติของตำรวจทุกหน่วยงานในพื้นที่  ๓  จังหวัดชายแดนภาคใต้  ในการป้องกันปราบปรามอาชญากรรม และดำเนินการบังคับใช้กฎหมายตามหลักนิติธรรม  หลักสิทธิมนุษยชน และใช้นิติวิทยาศาสตร์ในการพิสูจน์การกระทำผิด   เพื่ออำนวยความยุติธรรมในการรักษาความสงบเรียบร้อยและรักษาความมั่นคงภายใน

ศูนย์ข่าวกรองประจำพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ( ศขก.จชต. ): เป็นศูนย์กลางในการวางแผน อำนวยการ ประสานงาน ควบคุมและกำกับดูแล  หน่วยงานข่าวทั้งปวงในพื้นที่ทั้งพลเรือน ตำรวจ ทหาร  เพื่อบูรณาการงานข่าวให้เป็นเอกภาพและไปในทิศทางเดียวกัน