ตามที่เกิดปัญหาความไม่สงบในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ และรัฐบาลได้ประกาศใช้นโยบายเสริมสร้างสันติสุขตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี
ที่ 68/2547 ลง 24 มีนาคม 2547 และได้มีการจัดตั้งกองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ ตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีที่ 69/2547 ลง 24 มีนาคม 2547 ซึ่งในขั้นต้นนั้นได้ให้กองอำนวนการรักษาความมั่นคงภายในเป็นผู้ควบคุมในการดำเนินการเพื่อสร้างบรรยากาศให้
เกิดความมั่นคงในระดับที่เกื้อกูลต่อการพัฒนาประเทศทั้งทางด้านเศรษฐกิจ การเมืองและสังคมต่อมาเนื่องจากสถานการณ์เปลี่ยนแปลงไปจึงได้มี
การปรับปรุงนโยบาย และแนวทางการบริหารจัดการเพื่อเสริมสร้างสันติสุขในพื้นที่ดังกล่าวให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น จึงได้ยกเลิกนโยบายเสริมสร้าง
สันติสุข ที่มีอยู่เดิมและจัดตั้งกองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ ซึ่งอยู่ภายใต้การควบคุมของกองอำนวยการรักษาความมั่นคง
ภายใน มาใช้นโยบาย และแนวทางบริหารจัดการที่ได้กำหนดขึ้นมาใหม่ให้สถานะของหน่วยเปลี่ยนแปลงเป็นกองอำนวยการเฉพาะกิจภายใน ขึ้นตรง
กับนายกรัฐมนตรีและมี ผู้อำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ ซึ่งแต่งตั้งโดยนายกรัฐมนตรี เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบในการ
ปฏิบัติงานตามนโยบายและการสั่งการของนายกรัฐมนตรี และสภาความมั่นคงแห่งชาติ ตลอดจนประสานงานกับกระทรวง ทบวง กรม กองทัพจังหวัด
และองค์กรที่เกี่ยวข้อง มีอำนาจหน้าที่ในการเสนอแนะให้คุณโทษที่เป็นผลต่อข้าราชการพลเรือน ตำรวจ ทหาร และบุคคลอื่น ๆ ซึ่งผู้อำนวยการ
เสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ได้แต่งตั้ง หรือขอความร่วมมือจากส่วนราชการ และองค์การต่าง ๆ มาปฏิบัติงาน ซึ่งเป็นไปตามคำสั่งสำนัก
นายกรัฐมนตรี ที่ 260/2547 ลง 4 ตุลาคม 2547 เรื่อง นโยบายและแนวทางการบริหารจัดการเพื่อเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ และคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 261/2547 ลง 4 ตุลาคม 2547 เรื่อง แต่งตั้งผู้บริหารในกองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ และสำนักงานความมั่นคงแห่งชาติ

    ปัจจุบันรัฐบาล โดย กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร ได้จัดตั้ง กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน ภาค ๔ ส่วนหน้า เพื่อรับผิดชอบการรักษาความมั่นคงในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ตั้งแต่ ๑ มกราคม ๒๕๔๙ ตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีที่ ๒๐๕/๒๕๔๙ ลง ๓๐ ตุลาคม ๒๕๔๙ เพื่อเป็นหน่วยงานหลักในการแก้ไขปัญหาความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยแปรสภาพมาจากกองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุข จังหวัดชายแดนภาคใต้ ปัจจุบัน มี พลโท พิเชษฐ์ วิสัยจร แม่ทัพภาคที่ ๔ เป็นผู้อำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค ๔ เป็นต้นมา